La sociología de Merton debemos situarla en el funcionalismo sociológico, dentro de la Escuela de Columbia de la que es fundador. Es el fundador de la Sociología de la Ciencia moderna.
Las mayores aportaciones de Merton debemos ubicarlas en la Teoría Sociológica y la Sociología de la Ciencia. En relación a la Teoría Sociológica, su primer paso es que rompe con la concepción tradicional de entender el funcionalismo, él no solamente se limita al concepto función, sino que amplía en dos vocablos para investigación del análisis funcional; disfunción que son las partes negativas del sistema social, y afunción que es irrelevante para el sistema social. A su vez, Merton ve necesario hallar el balance en relación a la funcionalidad y disfuncionalidad en el sistema social lo que resuelve con el término Saldo neto.
En cuanto a los fenómenos observables vio que la funcionalidad y disfuncionalidad eran incompletas en el análisis funcional, al observar que en la acción existía un propósito de subjetivo que podía coincidir o divergir con las consecuencias imprevistas de la acción social, a estas funciones las llamó: manifiestas y latentes. Las primeras eran consecuencias objetivas que son reconocidas y queridas por el actor (intencionadas), mientras que las otras eran no reconocidas y no queridas (no intencionadas). Estas funciones no producen los mismos efectos en el análisis funcional, pues dentro del sistema social, al darse la posibilidad de que una estructura sea disfuncional para el sistema y seguir existiendo. Finalmente en la teoría mertoniana existe la posibilidad de que el cambio social sea intencional.
En cuanto a la sociología de la ciencia abordó la relación existente entre los factores propios del quehacer científico como elemento de identificación con la institución social. Él observó el normatismo existente en la sociedad científica. Esto lo definió con la expresión CUDEOS (comunismo, universalismo el desinterés y escepticismo desorganizado), que no eran otra cosa que los elementos constitutivos que rodean el ethos científico.
(AA.VV. Diccionario de sociología Universidad Rey Juan Carlos. ESIC Editorial. Madrid. 2004)